Καθορισμός τοποθεσίας και θέσπιση μέτρων διατήρησης
Οδηγία για τους οικοτόπους - Επιλογή και προσδιορισμός ειδικών ζωνών διατήρησης (ΕΖΔ)
Στη δεύτερη φάση, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή αποφασίζει ποιοι από τους προτεινόμενους τόπους θα κηρυχθούν κοινοτικής σημασίας (άρθρο 4 παράγραφος 2) (ΤΚΣ, τόπος κοινοτικής σημασίας). Η Επιτροπή δίνει ιδιαίτερη προσοχή στους διασυνοριακούς τόπους και στους τόπους που φιλοξενούν τύπους οικοτόπων προτεραιότητας ή είδη προτεραιότητας.
Όσον αφορά τη διαδικασία για τον ορισμό ΕΖΔ, τα κράτη μέλη μπορούν να εισαγάγουν νέες διαδικασίες ορισμού ή να προσαρμόσουν τις υπάρχουσες και/ή να στηρίξουν τον ορισμό με άλλες νομικές πράξεις. Έχουν επιλογή ως προς τον τύπο της νομικής πράξης που χρησιμοποιούν -είτε είναι κανονιστική, συμβατική ή διοικητική- και μπορούν να αποφασίσουν σε ποιο διοικητικό επίπεδο (π.χ. εθνικό ή περιφερειακό) είναι καταλληλότερο να ορίζονται ΕΖΔ. Εναπόκειται επίσης στα κράτη μέλη να καθορίσουν εάν η πράξη προσδιορισμού γίνεται για έναν τόπο κάθε φορά ή εάν καλύπτει πολλούς τόπους 
Ωστόσο, ανεξάρτητα από τη διαδικασία που χρησιμοποιείται, πρέπει να υπάρχει σαφής νομική βάση που να στηρίζει τον ορισμό των ΕΖΔ, τα δε κράτη μέλη θα πρέπει να διασφαλίζουν την αναμφισβήτητη δεσμευτική ισχύ του εν λόγω ορισμού. Ο ίδιος ο νόμος ορισμού πρέπει επίσης να παρέχει επαρκή σαφήνεια ώστε να ικανοποιούνται οι απαιτήσεις της οδηγίας με ασφάλεια δικαίου.
Αυτό συνάδει με την υφιστάμενη νομολογία (Επιτροπή/Βέλγιο, C-415/01)3
- οι διατάξεις μιας οδηγίας πρέπει να τίθενται σε εφαρμογή με αναμφισβήτητη δεσμευτική ισχύ, με την απαιτούμενη ιδιαιτερότητα, ακρίβεια και σαφήνεια προκειμένου να πληρούται η επιταγή της νομικής ασφάλειας. Η αρχή της νομικής ασφάλειας επιβάλλει την κατάλληλη δημοσιότητα για τα θεσπιζόμενα κατ’ εφαρμογήν μιας κοινοτικής ρυθμίσεως εθνικά μέτρα, κατά τρόπο ώστε να καθίσταται δυνατό στα υποκείμενα δικαίου, στα οποία αφορούν τέτοια μέτρα, να μπορούν να γνωρίζουν την έκταση των δικαιωμάτων και υποχρεώσεών τους στον διεπόμενο από το κοινοτικό δίκαιο συγκεκριμένο τομέα.
- Προκειμένου περί των οριοθετούντων τις ΖΕΠ χαρτών, πρέπει αυτοί να διαθέτουν, κατ’ ανάγκη, αναμφισβήτητη δεσμευτική ισχύ. . Πράγματι, εάν δεν συνέβαινε κάτι τέτοιο, η γεωγραφική οριοθέτηση των ΖΕΠ θα μπορούσε να αμφισβητείται ανά πάσα στιγμή. Επίσης, θα υπήρχε κίνδυνος ο σχετικός με την προστασία στόχος του άρθρου 4 της οδηγίας περί πτηνών, που επισημαίνεται στη σκέψη 17 της παρούσας αποφάσεως, να μην επιτευχθεί πλήρως.