Καθορισμός τοποθεσίας και θέσπιση μέτρων διατήρησης
Οδηγία για τους οικοτόπους - Υποχρεώσεις ειδικών μέτρων διατήρησης
1. Για τις ειδικές ζώνες διατήρησης, τα κράτη μέλη καθορίζουν τα αναγκαία μέτρα διατήρησης που ενδεχομένως συνεπάγονται ειδικά ενδεδειγμένα σχέδια διαχείρισης ή ενσωματωμένα σε άλλα σχέδια διευθέτησης και τα δέοντα κανονιστικά, διοικητικά ή συμβατικά μέτρα που ανταποκρίνονται στις οικολογικές απαιτήσεις των τύπων φυσικών οικοτόπων του παραρτήματος I και των ειδών του παραρτήματος II, τα οποία απαντώνται στους τόπους.
2. Τα κράτη μέλη θεσπίζουν τα κατάλληλα μέτρα ώστε στις ειδικές ζώνες διατήρησης να αποφεύγεται η υποβάθμιση των φυσικών οικοτόπων και των οικοτόπων ειδών, καθώς και οι ενοχλήσεις που έχουν επιπτώσεις στα είδη για τα οποία οι ζώνες έχουν ορισθεί, εφόσον οι ενοχλήσεις αυτές θα μπορούσαν να έχουν επιπτώσεις σημαντικές όσον αφορά τους στόχους της παρούσας οδηγίας.
Δηλαδή, το άρθρο 6 παράγραφος 1 προβλέπει θετικά μέτρα, στα οποία περιλαμβάνονται σχέδια διαχείρισης και κανονιστικά, διοικητικά ή συμβατικά μέτρα που αποσκοπούν στην επίτευξη του γενικού στόχου της οδηγίας. Συναφώς, το άρθρο 6 παράγραφος 1 διαφέρει από τις τρεις άλλες παραγράφους του άρθρου 6 που προβλέπουν προληπτικά μέτρα για την αποφυγή επιδείνωσης, ενοχλήσεων και σημαντικών επιπτώσεων στο δίκτυο Natura 2000.
Το άρθρο 6 παράγραφος 1 θεσπίζει ένα γενικό καθεστώς διατήρησης που εφαρμόζεται σε όλες ανεξαιρέτως τις ΕΖΔ του δικτύου Natura 2000 και σε όλους τους φυσικούς οικοτόπους του παραρτήματος I και στα είδη του παραρτήματος II που είναι παρόντα στις τοποθεσίες.
Τα μέτρα διατήρησης μπορούν να λαμβάνουν τουλάχιστον δύο μορφές: τη μορφή «δεόντων κανονιστικών, διοικητικών ή συμβατικών μέτρων» και, «ενδεχομένως», τη μορφή «ενδεδειγμένων σχεδίων διαχείρισης».
Επιπλέον, σύμφωνα με το άρθρο 6 παράγραφος 2, τα κράτη μέλη, εντός του δικτύου Natura 2000, αποφεύγουν τις ζημιογόνες δραστηριότητες που θα μπορούσαν να ενοχλήσουν σημαντικά τα είδη αυτά ή να επιδεινώσουν τους οικοτόπους των προστατευόμενων ειδών ή τους τύπους οικοτόπων. Η διάταξη αυτή:
- ισχύει μόνιμα στις ειδικές ζώνες διατήρησης (ΕΖΔ). Μπορεί να αφορά παρελθούσες, τρέχουσες ή μελλοντικές δραστηριότητες ή γεγονότα (για παράδειγμα, σε περίπτωση τοξικής διαρροής που επηρεάζει έναν υγρότοπο, το άρθρο αυτό συνεπάγεται ότι θα πρέπει να ληφθούν όλα τα προληπτικά μέτρα ώστε να αποφευχθεί η διαρροή, ακόμη και αν η τοποθεσία του συμβάντος είναι μακριά από τον υγρότοπο). Εάν μια ήδη υφιστάμενη δραστηριότητα σε ΕΖΔ προκαλεί υποβάθμιση φυσικών οικοτόπων ή ενόχληση των ειδών για τα οποία έχει οριστεί η περιοχή, πρέπει να καλύπτεται από τα απαραίτητα μέτρα διατήρησης που προβλέπονται στο άρθρο 6 παράγραφος 1.
- δεν περιορίζεται σε εκ προθέσεως πράξεις, αλλά θα μπορούσε επίσης να καλύπτει τυχόν γεγονότα που θα μπορούσαν να συμβούν (πυρκαγιά, πλημμύρα κ.λπ.), εφόσον είναι προβλέψιμα. Στην περίπτωση καταστροφών, αφορά μόνο την υποχρέωση λήψης (κατάλληλων) προληπτικών μέτρων για τη μείωση του κινδύνου τέτοιου είδους καταστροφών εάν ενδέχεται να θέσουν σε κίνδυνο τον στόχο της οδηγίας.
Οι παράγραφοι 2 και 3 του άρθρου 6 διασφαλίζουν το ίδιο επίπεδο προστασίας. 
- Το άρθρο 6 παράγραφος 2 περιλαμβάνει επιπτώσεις που προκαλούνται από τον άνθρωπο, καθώς και φυσικές εξελίξεις , και εφαρμόζεται σε εγκεκριμένες δραστηριότητες.
- Το άρθρο 6 παράγραφος 3 θεσπίζει διαδικασία αξιολόγησης.
