Gebietsschutzmaßnahmen nach Artikel 6 der Habitatrichtlinie
Beurteilung von Plänen und Projekten sowie Ausgleichsmaßnahmen
Gleichwohl sind Alternativen zu prüfen, wenn nicht unmittelbar ausgeschlossen werden kann, dass sie zu alternativen Lösungen führen können. Dies erfordert eine vergleichende Prüfung von Alternativen. Im Allgemeinen muss bei der Prüfung einer Alternative die spezifische Verhältnismäßigkeitsprüfung angewandt werden.
Die Beurteilung der Voraussetzungen für eine Ausnahme hängt von einer ordnungsgemäßen Prüfung nach Artikel 6 Absatz 3 ab - Alternativen können nur gewählt werden, wenn die Auswirkungen bekannt sind, und die Abwägung anderer Interessen mit den Auswirkungen auf das Gebiet erfordert genaue Kenntnisse. 
Im Falle besonderer Umstände, die es dem Mitgliedstaat erlauben, sein Projekt fortzuführen, muss er geeignete Ausgleichsmaßnahmen ergreifen, um sicherzustellen, dass die globale Kohärenz des Natura-2000-Netzes geschützt wird. Ein angemessener Ausgleich ist nur dann möglich, wenn er im Lichte der Auswirkungen festgelegt wird. Der Ausgleich muss speziell auf die Beeinträchtigungen abgestimmt sein.
Ausgleichsmaßnahmen sind für ein Projekt bzw. einen Plan genau bestimmte und zusätzlich zu den üblichen Umsetzungsverfahren der "Naturschutz"-Richtlinien zu ergreifende Maßnahmen. Mit diesen Maßnahmen soll die negative Auswirkung eines Projekts ausgeglichen und ein gezielter Ausgleich für die negativen Auswirkungen auf die zu schützenden Arten oder Lebensräume geschaffen werden. Die Ausgleichsmaßnahmen stellen das "letzte Mittel" dar. Sie kommen nur dann zur Anwendung, wenn die anderen in der Richtlinie vorgesehenen Schutzmaßnahmen unwirksam sind und die Entscheidung getroffen wurde, dennoch ein Projekt/einen Plan in Betracht zu ziehen, das bzw. der negative Auswirkungen auf das Natura-2000-Gebiet hat.
Vertiefende Informationen: Die Kommission hat eine Reihe allgemeiner Leitlinien zu Auslegung und Methodik zu spezifischen Bestimmungen von Artikel 6 erstellt, um ein besseres Verständnis und eine korrekte Anwendung des Artikels zu ermöglichen.
http://ec.europa.eu/environment/nature/natura2000/management/guidance_en.htm#art6.