Επεξεργασία αστικών λυμάτων
Ένα βασικό χαρακτηριστικό της οδηγίας, και το πλέον διαφιλονικούμενο, είναι η απαίτηση του άρθρου 4 τα αστικά λύματα που διοχετεύονται σε αποχετευτικά δίκτυα να υποβάλλονται σε δευτεροβάθμια ή σε ισοδύναμη επεξεργασία, δηλαδή «επεξεργασία με μέθοδο που περιλαμβάνει βιολογική επεξεργασία με δευτεροβάθμια καθίζηση, ή με άλλες μεθόδους» και να πληρούν ορισμένες απαιτήσεις όσον αφορά τις οριακές τιμές συγκέντρωσης και το ελάχιστο ποσοστό μείωσης, ή σε ισοδύναμη επεξεργασία (άρθρο 4 και παράρτημα Ι). Επιπλέον, για απορρίψεις σε γλυκά ύδατα και σε εκβολές ποταμών από οικισμούς με λιγότερο από 2 000 ι.π., αλλά και για απορρίψεις σε παράκτια ύδατα από οικισμούς με λιγότερο από 10 000 ι.π., τα αστικά λύματα υπόκεινται σε «κατάλληλη επεξεργασία», ήτοι «επεξεργασία των αστικών λυμάτων με μέθοδο ή/και σύστημα διάθεσης που επιτρέπει στα ύδατα υποδοχής να ανταποκρίνονται στους σχετικούς ποιοτικούς στόχους και στις συναφείς διατάξεις της παρούσας οδηγίας και άλλων κοινοτικών οδηγιών» (άρθρο 2 παράγραφος 9 και άρθρο 7).
Σήμερα επιβάλλονται αυστηρές οικονομικές κυρώσεις στα κράτη μέλη που εξακολουθούν να μην πληρούν αυτές τις απαιτήσεις. Για παράδειγμα, η Ελλάδα διατάχθηκε να καταβάλει εφάπαξ ποσό ύψους 10 000 000 ευρώ και περιοδικά 3 640 000 ευρώ ανά εξάμηνο μέχρι την πλήρη συμμόρφωση με τη διαπίστωση παραβίασης εκ μέρους του Δικαστηρίου. Είναι ενδιαφέρον ότι η περιοδική καταβολή μειώνεται για κάθε περίοδο έξι μηνών κατά ποσοστό το οποίο αντιστοιχεί στην αναλογία μεταξύ του αριθμού ι.π. των εναπομεινάντων μη συμμορφούμενων οικισμών στο τέλος της περιόδου και του αριθμού ι.π. των οικείων οικισμών κατά τον χρόνο της απόφασης (υπόθεση C-167/14 Επιτροπή κατά Ελλάδας). Αντιθέτως, με μόνο έναν οικισμό υπό κίνδυνο, η Πορτογαλία διατάχθηκε να καταβάλει 8 000 ευρώ για κάθε ημέρα καθυστέρησης στην εφαρμογή των αναγκαίων μέτρων συμμόρφωσης και υποχρεώθηκε σε εφάπαξ καταβολή ύψους 3 000 000 ευρώ (υπόθεση C-557/14 Επιτροπή κατά Πορτογαλίας).
Το Δικαστήριο σημείωσε ότι, ακόμη και όταν πρόκειται για μεγάλο αριθμό μικρών οικισμών, τα κράτη μέλη δεν μπορούν να επικαλούνται προς υπεράσπισή τους τους υλικούς, τεχνικούς και δημοσιονομικούς περιορισμούς, διότι ο νομοθέτης της ΕΕ «έχοντας επίγνωση του μεγέθους των έργων υποδομής που απαιτούσε η εφαρμογή της οδηγίας και το κόστος που συνεπαγόταν η πλήρης εκτέλεσή της, παρέσχε στα κράτη μέλη προθεσμία πολλών ετών για την εκπλήρωση των υποχρεώσεών τους» (υπόθεση C-395/13 Επιτροπή κατά Βελγίου, σκέψη 51). Ωστόσο, εφόσον η Επιτροπή είναι η μόνη αρμόδια να αποφασίσει εάν είναι σκόπιμο να κινήσει διαδικασία εναντίον κράτους μέλους λόγω μη εκπλήρωσης των υποχρεώσεών του και να καθορίσει τη συμπεριφορά ή την παράλειψη του κράτους μέλους βάσει της οποίας πρέπει να κινηθεί η εν λόγω διαδικασία, ακολουθεί μια γενική πρακτική σύμφωνα με την οποία, παρά το γεγονός ότι η οδηγία απαιτεί ποσοστό συλλογής 100 %, κινεί τη διαδικασία αυτή μόνο για τους οικισμούς των οποίων το ποσοστό συλλογής είναι χαμηλότερο του 98 % ή όταν το μη συλλεγέν υπόλοιπο 2 % αντιπροσωπεύει ι.π. τουλάχιστον 2 000 μονάδων (υπόθεση C-395/13 Επιτροπή κατά Βελγίου, σκέψη 33).