Ευαίσθητες ζώνες
Μια ακόμη σημαντική διάταξη είναι του άρθρου 5 που ορίζει ειδική πρόσθετη απαίτηση η οποία ισχύει για τις «ευαίσθητες ζώνες». Τα κράτη μέλη μεριμνούν ώστε τα αστικά λύματα που διοχετεύονται στα αποχετευτικά δίκτυα να υποβάλλονται, πριν από την απόρριψη στις ευαίσθητες αυτές περιοχές, σε «αυστηρότερη επεξεργασία», η οποία μερικές φορές ονομάζεται «τριτοβάθμια επεξεργασία» για όλες τις απορρίψεις από οικισμούς άνω των 10 000 ι.π. (άρθρο 5 παράγραφος 2). Σε γενικές γραμμές, οι ευαίσθητες περιοχές είναι συστήματα γλυκών υδάτων, εκβολές ποταμών και παράκτια ύδατα «που βρέθηκαν να είναι ευτροφικά ή που στο εγγύς μέλλον μπορεί να γίνουν ευτροφικά εάν δεν ληφθεί προστατευτική δράση», επιφανειακό γλυκό νερό που προορίζεται για την άντληση πόσιμου νερού «που θα μπορούσε να περιέχει υπερβολική συγκέντρωση νιτρικών αλάτων (…) εάν δεν αναληφθεί δράση» και, κατά κάποιο τρόπο «περιοχές όπου απαιτείται περαιτέρω επεξεργασία από εκείνη που ορίζεται στο άρθρο 4 της παρούσας οδηγίας για την εκπλήρωση των οδηγιών του Συμβουλίου» (παράρτημα II).
Τα ύδατα πρέπει να χαρακτηρίζονται ευαίσθητες περιοχές μόνον εάν οι απορρίψεις συμβάλλουν στον ευτροφισμό του υδάτινου περιβάλλοντος ή στον κίνδυνο τα ύδατα να καταστούν ευτροφικά. Σε μια δεδομένη περίπτωση, θεωρήθηκε επαρκώς πιθανή η ύπαρξη αιτιώδους συνάφειας μεταξύ της εισροής θρεπτικών ουσιών και της επιταχυνόμενης ανάπτυξης του φυτοπλαγκτού ώστε να απαιτηθεί η λήψη μέτρων βάσει της αρχής της προφύλαξης, μολονότι το οικολογικό μοντέλο επί του οποίου βασίστηκε δεν ήταν τέλειο (υπόθεση C-282/02 Επιτροπή κατά Γαλλίας, σκέψη 34). Για παράδειγμα, διαπιστώθηκε ότι υπάρχουν ευαίσθητες περιοχές με σκοπό την απαίτηση αυστηρότερης μεταχείρισης σε σχέση με το σύνολο της φινλανδικής επικράτειας (υπόθεση C-335/07 Επιτροπή κατά Φινλανδίας, σκέψη 31) καθώς και όσον αφορά το σύνολο της σουηδικής επικράτειας (υπόθεση C-438/07 Επιτροπή κατά Σουηδίας, σκέψη 34). Η Ιταλία διαπιστώθηκε να τελεί υπό παράβαση επειδή δεν υπέβαλε τα αστικά λύματα στην περιοχή του Μιλάνου σε αυστηρότερη επεξεργασία από την κανονική δευτεροβάθμια επεξεργασία, μολονότι απορρίπτονταν στις ευαίσθητες περιοχές του «δέλτα του Πάδου» και στις παράκτιες περιοχές της βορειοδυτικής Αδριατικής: δεν έχει σημασία εάν τα λύματα απορρίπτονται απευθείας σε ευαίσθητη περιοχή και όχι έμμεσα, π.χ. μέσω της λεκάνης απορροής του Πάδου (υπόθεση C-396/00 Επιτροπή κατά Ιταλίας). Ωστόσο, οι άμεσες ή έμμεσες απορρίψεις από εγκαταστάσεις επεξεργασίας αστικών λυμάτων που βρίσκονται στην ίδια λεκάνη υδροσυλλογής με ευαίσθητη περιοχή, πρέπει να πληρούν τις απαιτήσεις που ισχύουν για τις ευαίσθητες περιοχές μόνο στον βαθμό που οι απορρίψεις αυτές συμβάλλουν στη ρύπανση της εν λόγω περιοχής και έχει διαπιστωθεί αιτιώδης συνάφεια μεταξύ των απορρίψεων αυτών και της ρύπανσης των ευαίσθητων περιοχών (υπόθεση C-335/07 Επιτροπή κατά Φινλανδίας, σκέψεις 41-44, υπόθεση C-438/07 Επιτροπή κατά Σουηδίας, σκέψεις 45-47).