A-Un pilar original de la política medioambiental de la UE
4-Protección del agua y otras legislaciones medioambientales de la UE
4-Protección del agua y otras legislaciones medioambientales de la UE
La protección jurídica del agua y los ecosistemas acuáticos no se limita a la legislación sobre el agua. La aplicación de un enfoque integrado y ecosistémico requiere la contribución de varios otros actos legislativos adoptados sobre la base de las disposiciones medioambientales de los tratados. No hay que descartar la importancia de que muchos proyectos relacionados con el agua y su gestión y que muchos impactos sobre el recurso hídrico pueden entrar en el ámbito de la legislación medioambiental general.
Las directivas sobre los efectos medioambientales de determinados proyectos, planes y programas desempeñan un papel fundamental en la prevención de impactos significativos sobre el agua.
La Directiva 2001/42/CE relativa a la evaluación de los efectos de determinados planes y programas en el medio ambiente 
exige que se realice una evaluación ambiental de todos los planes y programas que, entre otros, se elaboren para la gestión del agua (apartado 2 del artículo 3). Además, todas esas evaluaciones (independientemente de que se refieran o no a la gestión del agua, deben determinar los probables efectos significativos en el medio ambiente, "incluso en cuestiones como (...) el agua (Anexo I)". Como se verá más adelante, la relevancia de esta legislación para el derecho del agua es además tremenda, ya que muchos de los planes de gestión que exige a los Estados miembros que adopten y apliquen estarán a su vez sujetos a dicha evaluación.
La Directiva 2011/92 revisada por la Directiva 2014/52/UE relativa a la evaluación de las repercusiones de determinados proyectos públicos y privados sobre el medio ambiente establece que la evaluación de impacto ambiental (EIA) que exige realizar dentro de su ámbito de aplicación "identificará, describirá y evaluará de manera adecuada, a la luz de cada caso concreto (...) los efectos directos e indirectos de un proyecto" sobre una serie de factores, entre ellos el agua (artículo 3 de la Directiva 2014/14). Entre los tipos de proyectos que deben someterse a una EIA se encuentran determinadas vías navegables y puertos para el tráfico fluvial, puertos comerciales, muelles de carga y descarga conectados a tierra y fuera de los puertos, sistemas de captación de aguas subterráneas o de recarga artificial de aguas subterráneas, obras de transferencia de recursos hídricos entre cuencas hidrográficas, plantas de tratamiento de aguas residuales, etc. .
Del mismo modo, las legislaciones sobre instalaciones industriales y sobre el control de los riesgos de accidentes graves que implican sustancias peligrosas permiten actuar en el origen de la contaminación o de los riesgos de efectos nocivos sobre el agua. La Directiva 2010/75 sobre las emisiones industriales (prevención y control integrados de la contaminación) la Directiva "IED", que constituye el núcleo de la legislación medioambiental industrial, establece normas destinadas a "prevenir o, cuando ello no sea posible, reducir las emisiones en (...) el agua (...) con el fin de alcanzar un nivel elevado de protección del medio ambiente considerado en su conjunto" (art. 1). Según los datos de 2018, el 20% de las instalaciones de DEI emiten el 20% del total de contaminantes al agua . Otras legislaciones también se centran en los productos de uso sostenible, como la Directiva 2009/128/CE, que establece medidas específicas para proteger el medio acuático y el agua potable .
Los daños causados por el agua son uno de los tres tipos de daños que entran en el ámbito de aplicación de la Directiva 2004/35/CE sobre responsabilidad medioambiental en relación con la prevención y reparación de daños medioambientales . Se trata de cualquier daño que afecte negativamente y de forma significativa al estado ecológico, químico o cuantitativo o al potencial ecológico, tal y como se define en la DMA, de las aguas en cuestión, o (ii) al estado medioambiental de las aguas marinas en cuestión en virtud de la Directiva marco sobre la estrategia marina (art. 2(1)(b) de la Directiva 2004/35). La Directiva 2004/35 se aplica, entre otras cosas, a los daños ambientales causados y a cualquier amenaza inminente de que se produzcan tales daños debido a determinadas actividades, entre las que se incluyen los vertidos en las aguas superficiales interiores y en las aguas subterráneas que requieren autorización previa en virtud de la legislación de la UE aplicable, el vertido o la inyección de contaminantes en las aguas superficiales o subterráneas y la captación y el embalse de agua sujetos a autorización previa en virtud de la DMA (art. 3.1 de la Directiva 2004/35). La reparación de esos daños ambientales, en relación con el agua, se logra mediante la restauración del medio ambiente a su estado básico por medio de una reparación primaria, complementaria y compensatoria (anexo II de la Directiva 2004/35). Asimismo, la Directiva 2008/99/CE relativa a la protección del medio ambiente a través del derecho penal identifica entre las conductas que "constituyen una infracción penal cuando son ilícitas y se cometen intencionadamente o, al menos, por negligencia grave" las que causan o pueden causar (...) un daño sustancial a la calidad (...) del agua, o a los animales o plantas" (art. 3).
La Directiva 92/43/CEE relativa a la conservación de los hábitats naturales y de la fauna y flora silvestres tiene por objeto garantizar la protección de los hábitats naturales y las especies de interés comunitario, incluidos los hábitats y las especies acuáticas en un estado de conservación favorable dentro de la red Natura 2000 . La Directiva Marco del Agua incluye disposiciones para garantizar la coherencia con los objetivos de Natura 2000. Los Estados miembros tienen que establecer un registro de zonas protegidas "que hayan sido concebidas para requerir una protección especial en virtud de la legislación comunitaria específica", en particular para la conservación de los hábitats y las especies que dependen directamente del agua (art. 6). En el último informe sobre la aplicación de esta Directiva, la Comisión subraya que las instalaciones hidroeléctricas "son la fuente más importante de presiones relacionadas con la energía para los peces migratorios y de agua dulce" . La Comisión también hace hincapié en el impacto directo de las especies exóticas invasoras sobre determinadas especies de aves, anfibios, peces y plantas vasculares. El reglamento (UE) 1143/2014 tiene como objetivo precisamente prevenir y gestionar la introducción y propagación de especies exóticas invasoras . Entre la lista actual de la UE de 66 especies exóticas invasoras, varias de ellas son plantas acuáticas (como el jacinto de agua, la prímula acuática (..) y especies (cangrejo de río de Luisiana, siluro rayado, rana toro, coipo (..) . Más recientemente, la Comisión Europea ha presentado una propuesta de reglamento sobre la restauración de la naturaleza que contiene objetivos de restauración y requisitos específicos para los ríos y las llanuras de inundación .