B-Obblighi specifici per gli Stati membri: Caratterizzazione, registro delle aree protette, programmi e prezzi dell'acqua
2-Piani di gestione e programmi di misure
Spetta agli Stati membri determinare le misure pratiche da includere nei loro programmi per raggiungere gli obiettivi fissati dalla Direttiva quadro sulle acque e dalle misure di attuazione adottate in conformità con le strategie successivamente adottate.
Le azioni degli Stati membri si basano su piani di gestione dei distretti idrografici nell'ambito dei quali vengono attuati programmi integrati di misure. Poiché i piani di gestione (1°) devono includere una sintesi dei programmi di misure (2°), i cui obiettivi sono comunque definiti, la preparazione di entrambi i documenti deve essere coordinata.
Piani di gestione (primi piani entro il 22/12/2009, revisioni entro il 2015)
Per ogni distretto idrografico è istituito un piano di gestione del bacino idrografico (articolo 13, paragrafo 1) che comprende gli elementi rilevanti per l'attuazione della normativa applicabile, in particolare i risultati delle analisi sopra citate (allegato VII). Oltre a una descrizione generale delle caratteristiche del distretto idrografico e dell'ubicazione dei corpi idrici e delle aree protette, il piano comprende principalmente una sintesi delle pressioni e degli impatti significativi dell'attività umana sullo stato delle acque superficiali e sotterranee, un elenco di obiettivi ambientali, una sintesi dell'analisi economica e uno dei programmi di misure (vedi sotto).
I piani di gestione dei distretti idrografici e i relativi lavori devono essere resi disponibili al pubblico, così come i loro aggiornamenti. Infatti, i singoli e le parti interessate hanno il diritto di partecipare attivamente all'attuazione della direttiva e, in particolare, alla produzione, al riesame e all'aggiornamento dei piani di gestione dei bacini idrografici. 
I piani di gestione dei bacini idrografici devono essere "pubblicati entro nove anni dalla data di entrata in vigore della presente direttiva" (2009) e devono essere "riesaminati e aggiornati entro 15 anni dalla data di entrata in vigore della presente direttiva" (2015).
Programmi di misure (primi programmi entro il 2006)
I programmi di misure non hanno lo stesso grado di specificità dei piani di gestione, in quanto "possono fare riferimento a misure derivanti dalla legislazione adottata a livello nazionale e che riguardano l'intero territorio di uno Stato membro" o applicarsi a tutti i distretti idrografici o a porzioni di distretti idrografici internazionali all'interno del territorio di uno Stato membro (articolo 11, paragrafo 1). Tali programmi costituiscono "gli strumenti di pianificazione di base per rispondere alle pressioni individuate sui corpi idrici interessati", che tengono conto dei risultati delle analisi e dei riesami previsti dall'articolo 5. Essi comprendono "misure di base" considerate come un'esigenza prioritaria. Essi comprendono "misure di base" considerate come i requisiti minimi da rispettare (articolo 11, paragrafo 3) e, se necessario, "misure supplementari" (articolo 11, paragrafo 4). Tali programmi comprendono misure relative all'applicazione di norme specifiche per le acque di balneazione, gli uccelli selvatici, l'acqua potabile, gli incidenti rilevanti, i fanghi di depurazione, i prodotti fitosanitari, i nitrati di origine agricola..., in breve, qualsiasi legislazione pertinente (articolo 11 e allegato VI). A questo proposito, la Corte sottolinea giustamente che "nell'adottare i programmi di misure (...) gli Stati membri devono non solo conseguire gli obiettivi ambientali relativi alle acque (...) ma anche garantire il rispetto della legislazione europea relativa alle aree protette" , soprattutto per evitare il deterioramento delle aree protette, come le aree protette coperte dalla direttiva 92/43/CEE. Nel caso-559/19, la Corte ha concluso che la Commissione "ha adeguatamente dimostrato la probabilità che l'eccessiva estrazione di acqua per l'approvvigionamento urbano dell'area turistica di Matalascanas abbia causato un significativo disturbo agli habitat protetti dell'area protetta di Donana, situata nelle vicinanze del centro turistico di Matalascanas" .
Oltre all'attuazione dei programmi di misure, la WFD prevede anche l'adozione di programmi per il monitoraggio dello stato delle acque (articolo 8) che dovranno essere operativi entro 6 anni dalla data di entrata in vigore della WFD (2006).