A-Trattamento delle acque reflue urbane e nitrati di origine agricola
L'eutrofizzazione è definita "l'arricchimento dell'acqua da parte di nutrienti, in particolare composti di azoto e/o fosforo, che provoca una crescita accelerata di alghe e forme superiori di vita vegetale, producendo un disturbo indesiderato all'equilibrio degli organismi presenti nell'acqua e alla qualità dell'acqua interessata" 
. Le fioriture algali sulle spiagge e sul litorale e le fioriture cianobatteriche nei laghi e nei fiumi rappresentano un pericolo significativo, persino deleterio, per la salute (acqua potabile, acque di balneazione) e per l'ambiente.
L'AEA sottolinea che il fosforo e i nitrati sono i due nutrienti e sostanze chiave per l'eutrofizzazione .
La riduzione degli scarichi di nutrienti richiede il controllo delle attività umane, come le acque reflue o l'inquinamento da nitrati delle attività agricole. Nel 1991 sono state adottate due direttive specifiche dell'UE in materia di acque per contribuire a migliorare la qualità dei corpi idrici: La Direttiva 91/271/CEE del Consiglio concernente il trattamento delle acque reflue urbane (1) e la Direttiva 91/676/CEE del Consiglio relativa alla protezione delle acque dall'inquinamento provocato dai nitrati provenienti da fonti agricole (2). Entrambe sono altamente tecniche e richiedono competenze legali ed extra-legali per la loro interpretazione e attuazione. Richiedono inoltre notevoli investimenti finanziari, soprattutto per la raccolta e il trattamento delle acque reflue urbane. Diversi Stati membri segnalano regolarmente difficoltà finanziarie e tecniche nel conformarsi alla Direttiva sulle acque reflue urbane.
Infine, le due direttive introducono una modulazione degli obblighi di risultato in base alla vulnerabilità e/o alla sensibilità dell'ambiente acquatico all'eutrofizzazione. Gli Stati membri devono identificare aree sensibili/vulnerabili in base a criteri e applicare obblighi più severi. Queste direttive sono all'origine di numerose cause intentate presso il JCEU, tra cui sanzioni pecuniarie contro gli Stati membri (mancato rispetto della sentenza della CGUE ).