C-Direcciones para la protección del agua y enfoque combinado de los vertidos
La DMA también prevé el control de las emisiones y las normas de calidad (apartados 6 y 7 del artículo 16). Un concepto importante de la DMA (al que también se refiere la DEI) es el de las normas de calidad ambiental, es decir, "la concentración de un determinado contaminante o grupo de contaminantes en el agua, los sedimentos o la biota que no debe superarse para proteger la salud humana y el medio ambiente" (apartado 35 del artículo 1). Cuando dicha norma requiera condiciones más estrictas que las que resultarían de la aplicación de los controles de emisión previstos, se establecerán controles de emisión más rigurosos (apartado 3 del artículo 10). Cuando más de uno de los objetivos se refiera a una determinada masa de agua, se aplicará el más estricto de ellos (apartado 2 del artículo 4), en virtud de la exigencia de un alto nivel de protección.
En virtud del artículo 16, la Comisión debía proponer una lista de sustancias prioritarias 
que presenten un "riesgo significativo para el medio acuático o a través de él" y de sustancias peligrosas prioritarias; dicha lista debe actualizarse al menos cada cuatro años. La Decisión 2455/2001/CE estableció la primera lista de 33 sustancias o grupos de sustancias prioritarias que se añade a la DMA como anexo X. En virtud del artículo 17, el legislador de la UE debe adoptar también medidas específicas para prevenir y controlar la contaminación de las aguas subterráneas.
Los objetivos específicos de calidad que permiten caracterizar así las masas de agua reflejan tanto la prevención de la contaminación como la búsqueda de un "buen" estado de las aguas con ciertos matices para las aguas superficiales y para las subterráneas (1).
La contaminación de las aguas subterráneas, por un lado, es objeto de la Directiva 2006/118/CE relativa a la protección de las aguas subterráneas contra la contaminación y el deterioro . Por otro lado, la estrategia con respecto a la contaminación de las aguas superficiales se estableció en la Directiva 2008/105/CE relativa a las normas de calidad ambiental en el ámbito de la política de aguas , cuyo objetivo es reducir progresivamente el vertido de determinados contaminantes, incluidas, entre otras, las "sustancias prioritarias" enumeradas en el anexo X de la DMA, y detener o suprimir progresivamente el vertido. La primera lista de vigilancia de sustancias en virtud de esta Directiva 2008/105/CE se adoptó en 2015 (Decisión de Ejecución (UE) 2015/495 de la Comisión). Esta lista se actualizó en 2018, en 2020 y en 2022 con la Decisión de Ejecución (UE) 2022/1307 de la Comisión .
Además, un "enfoque combinado" pretende controlar los vertidos en fuentes puntuales y difusas (2).