A-Objetivos ambiciosos y obligaciones generales para mejorar y prevenir el deterioro del estado de las masas de agua
La DMA establece 6 objetivos principales para la protección de las aguas superficiales interiores, las aguas de transición, las aguas costeras y las aguas subterráneas que son:
- evite un mayor deterioro y proteja y mejore el estado de los ecosistemas acuáticos y, con respecto a sus necesidades de agua, de los ecosistemas terrestres y de los humedales que dependen directamente de los ecosistemas acuáticos;
- promueve un uso sostenible del agua basado en la protección a largo plazo de los recursos hídricos disponibles.
- tiene por objeto aumentar la protección y la mejora del medio acuático, entre otras cosas, mediante medidas específicas para la reducción progresiva de los vertidos, las emisiones y las pérdidas de sustancias prioritarias y el cese o la supresión gradual de los vertidos, las emisiones y las pérdidas de las sustancias peligrosas prioritarias;
- garantiza la reducción progresiva de la contaminación de las aguas subterráneas y evita que se sigan contaminando y;
- contribuye a mitigar los efectos de las inundaciones y las sequías".
El "objetivo final" 
es lograr un buen estado para todas las aguas superficiales de la UE (más de 100 000 ) y las aguas subterráneas (más de 13 000 ) para 2015. La DMA introduce una distinción entre las aguas superficiales y las subterráneas que determina su estado y su "buen estado". Por un lado, para las aguas superficiales, el estado se define como "la expresión general del estado (...) determinada por el peor de sus estados ecológicos y su estado químico"; y el "buen estado de las aguas superficiales significa el estado alcanzado por una masa de agua superficial cuando tanto su estado ecológico como su estado químico son al menos buenos". Definido como "una expresión de la calidad de la estructura y el funcionamiento de los ecosistemas acuáticos asociados a las aguas superficiales" , el estado ecológico comprende una serie de elementos de calidad por tipo de masas de agua, como los elementos biológicos e hidromorfológicos, la cantidad y la dinámica de los flujos de agua, o la conexión con la masa de agua subterránea en el caso de los lagos.
Por otro lado, el agua subterránea se define como la "expresión general del estado de una masa de agua subterránea determinada por el peor de sus estados cuantitativos y su estado químico; y "se entiende por buen estado de las aguas subterráneas el estado alcanzado por una masa de agua subterránea cuando tanto su estado cuantitativo como su estado químico son al menos buenos".
Los Estados miembros deben diseñar y aplicar diferentes medidas para alcanzar los ambiciosos objetivos medioambientales. La DMA prevé así "un proceso complejo que implica una serie de etapas ampliamente reguladas, con el fin de permitir a los Estados miembros aplicar las medidas necesarias, en función de las especificidades y las características de las masas de agua identificadas en sus territorios" .
Al hacer operativos los programas de medidas especificados en los planes hidrológicos de cuenca, "aplicarán las medidas necesarias para evitar el deterioro del estado de todas las masas" de aguas superficiales y subterráneas (artículo 4(1) a) y b)). También "protegerán, mejorarán y restaurarán todas las masas" de aguas superficiales y subterráneas "con el fin de alcanzar un buen estado de las aguas superficiales" y "un buen estado de las aguas subterráneas" "a más tardar 15 años después de la fecha de entrada en vigor de la presente Directiva". (Artículo 4 (1) a) ii & b) ii). Según el Tribunal, la palabra "aplicará" implica la obligación de los Estados miembros de actuar a tal efecto". También consideró que la autorización de un proyecto individual "como tal aplicación" del artículo 4, en particular el apartado 1 del artículo 4.
A la luz de la redacción, del esquema y de la finalidad del artículo 4, el Tribunal de Justicia juzga también que el apartado 1 del artículo 4 "no se limita a establecer, en términos programáticos, meros objetivos de planificación de la gestión, sino que tiene efectos vinculantes, una vez determinado el estado ecológico de la masa de agua de que se trate, en cada etapa del procedimiento prescrito por dicha Directiva" , en particular "durante el proceso de concesión de permisos para proyectos concretos" .
El Tribunal subraya que el artículo 4 (1) establece, por tanto, "dos objetivos vinculantes distintos, aunque intrínsecamente parecidos" : una obligación de mejorar y una obligación de prevenir el deterioro del estado de las masas de agua.
La obligación de evitar el deterioro del estado de las masas de agua "no es un mero instrumento puesto al servicio de la obligación de mejorar el estado de las masas de agua" . La noción de no deterioro no está definida por la DMA y su comprensión da lugar a interpretaciones divergentes; recientemente se han multiplicado los litigios ante el Tribunal de Justicia, en particular en el marco de la petición de decisión prejudicial.